La funzione originaria del sito non è nota. 

Considerata come parte del grande progetto dell’imperatore Nerone per il trasporto dell’acqua da Baia alle zone limitrofe, la grotta della Dragonara fu, probabilmente, usata dalla flotta saracena per l’approvvigionamento dell’acqua. Altri studiosi hanno, invece, ipotizzato che la grotta facesse parte della villa di Lucullo, in quanto, sul lato ovest, è presente una fonte d’acqua dolce. 

Originariamente la volta di copertura era ricoperta da una lastra di terracotta.  Inizialmente era accessibile dall’alto attraverso grandi aperture che si aprono nella volte a botte.La grotta è lunga sessanta metri e larga sei metri. La struttura presenta una pianta quadrangolare interamente scavata nel tufo, suddivisa in cinque navate e composta da dodici imponenti  pilastri che sorreggono una volta a botte, le pareti sono ricoperte di  intonaco bianco. La cisterna presenta la fodera muraria in opus reticolatum e la copertura in cacciopesto, che permetteva la depurazione delle acqua piovane. 

Realizzata in età augustea, la grotta della Dragonara veniva chiamata “Traconaria”. Nel Medioevo era nota come “Bagno del Finocchio”, a causa della presenza di tali piante.

 Ad oggi è una delle più grandi cisterne dei Campi Flegrei, insieme alla piscina Mirabile e cento Camerelle.